DNA測序技術創(chuàng)建于20世紀70年代中期,主要有雙脫氧鏈終止法(Sanger法)和化學降解法(Maxam-Gilbert法)。Sanger雙脫氧鏈終止法又稱末端終止法或酶法,由于其操作簡便,易于實現(xiàn)自動化和規(guī)?；?故已經(jīng)成為當今DNA測序的主導方法。其測序原理...[繼續(xù)閱讀]

    20世紀70年代,DNA測序儀的發(fā)明使序列測定與分析成為可能,DNA測序檢測技術的發(fā)展大致經(jīng)歷了三個階段。第一代DNA測序儀為非自動化的同位素標記(多用P32,也可用P33或S35)垂直板凝膠電泳測序儀。檢測對象是φX174,cytomegalovirus(CMV)等病毒...[繼續(xù)閱讀]

    伴隨測序技術的進步,與其相關的PCR反應、DNA制備、文庫構建等技術近年來也都向著自動化、規(guī)?；姆较虬l(fā)展。數(shù)據(jù)分析與處理能力是影響基因組研究進程的另一關鍵因素。面對呈指數(shù)增長的序列數(shù)據(jù),需進一步開發(fā)功能強大的生物...[繼續(xù)閱讀]

    工作框架圖可用于獲得基因組的基本結構信息(如GC組成、重復序列含量等)、基因的識別和功能分類、SNP的發(fā)現(xiàn)等。其標準要求達到4～5倍基因組大小的原始測序數(shù)據(jù)覆蓋度,拼接組裝后的序列應覆蓋90%以上的基因組序列,序列準確度不...[繼續(xù)閱讀]

    全基因組測序,尤其是大型基因組測序,通常使用全基因組隨機測序策略和以物理圖譜為基礎的、以大插入片段克隆為單位的定向測序策略。秈稻和果蠅基因組測序采用前一種策略,而人類基因組測序采用后一種策略。兩種策略的區(qū)別...[繼續(xù)閱讀]

    物理圖譜是直接檢測DNA標記在染色體上實際位置的圖譜。遺傳圖譜是根據(jù)DNA重組原理,用遺傳學距離來排定含有插入片段克隆群次序的圖譜,它所顯示的是基因組內基因與專一的多態(tài)性DNA路標(Marker)的相對位置。而物理圖譜是把這些克...[繼續(xù)閱讀]

    在逐步克隆法策略中,大片段克隆可跨越散在的重復序列,減少錯拼,可提高STS篩選的陽性率,有利于克隆重疊群的拼接與組裝,從而提高物理圖譜的精確度。1.克隆載體的選擇質粒、噬菌體、黏粒等載體的裝載能力不超過50kb,因此不適用...[繼續(xù)閱讀]

    通過PCR篩選出與特定STS相對應的克隆。對一個高基因組覆蓋度的BAC文庫進行篩選,同一個STS通常會得到多個部分重疊的陽性克隆。1.種子克隆的篩選——STS-PCR反應池方案(PoolingProtocol)首先從STS數(shù)據(jù)庫中獲得某一STS的特異引物序列。合...[繼續(xù)閱讀]

    為減少測序費用和工作量,通常選取圖譜上自身覆蓋范圍大且與鄰近克隆重疊較小的一組克隆,作為候選測序克隆,如圖1.6所示。在測序前需對這些候選測序克隆,尤其是通過指紋圖譜篩選得到的克隆的定位正確性進行鑒定。常用的鑒定...[繼續(xù)閱讀]

    由于目前測序技術的限制性,尚不能對大片段克隆直接進行測序。一般要先構建亞克隆文庫,通過對亞克隆DNA片段進行隨機測序和拼接組裝,才能完成對大片段克隆的測序工作。霰彈法測序的簡要流程如圖1.8所示,具體步驟參看全基因組...[繼續(xù)閱讀]