1.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/2.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/3.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt/4.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html5.http://www.nlm.nih.gov/bsd/PubMed_tutorial/m1001.html6.http://www.embl-heidelberg....[繼續(xù)閱讀]

    Blast是NCBI(theNationalCenterforBiotechnologyInformation)的一項(xiàng)在線服務(wù),在NCBI(網(wǎng)址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/)的主頁(yè)進(jìn)行BLAST(圖3.1),直接在網(wǎng)上向服務(wù)器提交一段核苷酸或蛋白質(zhì)序列與NCBI的數(shù)據(jù)庫(kù)作比較,接著一個(gè)匹配的結(jié)果將反饋給用戶。...[繼續(xù)閱讀]

    Blast家族共有5個(gè)程序,可以進(jìn)行核酸和氨基酸序列任意組合的查詢,并在DNA或蛋白質(zhì)庫(kù)中對(duì)所有DNA或蛋白質(zhì)化合物序列進(jìn)行搜索。表3.1Blast家族程序名搜索序列資料庫(kù)內(nèi)容備注blastpProteinprotein比較氨基酸序列和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)使用取代矩...[繼續(xù)閱讀]

    表3.2縮氨酸(肽)序列數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)庫(kù)名描述nrAllnon-redundantGenBankCDStranslations+PDB+SwissProt+PIR+PRFmonthAllneworrevisedGenBankCDStranslation+PDB+SwissProt+PIR+PRFreleasedinthelast30days.Swiss-ProtLastmajorreleaseoftheSWISS-PROTproteinsequencedatabase(noupdates)Drosophila...[繼續(xù)閱讀]

    數(shù)據(jù)準(zhǔn)備Blast實(shí)習(xí)的原始數(shù)據(jù)來(lái)自phrap的拼接結(jié)果:>lesson.seq.screen.Contigl>lesson.seq.screen.Contig2>lesson.seq.screen.Contig3>lesson.seq.screen.Contig4運(yùn)行blastBlast輸入界面(圖3.2):圖3.2Blast輸入界面(1)在Search一欄中輸入待搜索的序列,在Choosedatab...[繼續(xù)閱讀]

    Sim4是通過(guò)DNA序列的聯(lián)配,找出目標(biāo)序列的基因序列。它以相似性為基礎(chǔ),將表達(dá)DNA序列(EST,cDNA,mRNA)和基因序列聯(lián)配,由此得出表達(dá)DNA序列基因。Blast只是在數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索與輸入具有相似性的序列。而Sim4則更注重尋找基因。分別提交seq...[繼續(xù)閱讀]

    數(shù)據(jù)準(zhǔn)備當(dāng)前目錄下有兩個(gè)文件供Sim4分析:(1)lesson.seq.screen.Contig2:來(lái)自phrap拼接產(chǎn)生的contig序列。(2)gi|12804398|gb|BC001601.1|BC001601:是在在網(wǎng)上對(duì)lesson.seq.screen.Contig2分析時(shí)感興趣的基因組序列。運(yùn)行Sim4在cdnasequence對(duì)話框中輸入lesson.seq.s...[繼續(xù)閱讀]

    1.郝柏林,張淑譽(yù).生物信息學(xué)手冊(cè).上海:上海科學(xué)技術(shù)出版社,20002.鐘揚(yáng),張亮,趙瓊.簡(jiǎn)明生物信息學(xué).北京:高等教育出版社,20013.AndreasD,BaxevanisBF,FrancisOuellette著.李衍達(dá),孫之榮等譯.生物信息學(xué)—基因和蛋白質(zhì)分析的實(shí)用指南.北京:清華大...[繼續(xù)閱讀]

    由JulieThompson(Thompson@EMBL-Heidelberg.DE)、TobyGibson(Gibson@EMBL-Heidelberg.DE)和Higgins(Higgins@ucc.ie)編寫的ClustalW最新版本1.8(可以從ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software下載)是DNA和蛋白質(zhì)進(jìn)行多序列聯(lián)配的程序,同時(shí)可作為生成親緣樹(shù)的工具。該ftp站點(diǎn)的DOS文...[繼續(xù)閱讀]

    首先,對(duì)于輸入的每一條序列,通過(guò)快速近似的WilburandLipman算法進(jìn)行兩兩之間聯(lián)配,共計(jì)n*(n-1)/2次,計(jì)算得分構(gòu)造指導(dǎo)樹(shù)(或叫做系統(tǒng)樹(shù)圖),指導(dǎo)多序列聯(lián)配的過(guò)程。指導(dǎo)樹(shù)是通過(guò)Sneath和Sokal(1973)用的UPGMA方法計(jì)算的。在指導(dǎo)樹(shù)繪制完以后...[繼續(xù)閱讀]