近20年來,分子生物學發(fā)展的一個顯著特點是生物信息的劇烈膨脹,且迅速形成了巨量的生物信息庫。這里所指的生物信息包括多種數(shù)據(jù)類型,如分子序列數(shù)據(jù)(核酸和蛋白質(zhì))、蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)等(詳見第1-1章)。由測序儀...[繼續(xù)閱讀]

    生物信息學學科是在生物信息急劇膨脹的壓力下誕生的。生物信息學的誕生和發(fā)展最早可以追溯到20世紀60年代,而“生物信息學(Bioinformatics)”一詞的出現(xiàn)則是在1990年(詳見下節(jié))。一般意義上,生物信息學是研究生物信息的采集、處理...[繼續(xù)閱讀]

    生物信息學的誕生和發(fā)展最早可以追溯到20世紀60年代,兩屆諾貝爾獎得主鮑林(L.C.Pauling)分子進化理論的出現(xiàn)(利用蛋白質(zhì)序列進行進化分析),已預(yù)示著生物信息學的來臨。1956年在美國召開首次生物學中的信息理論研討會,有學者將其作...[繼續(xù)閱讀]

    雖然是一門年輕學科,但生物信息學對整個生物學發(fā)展產(chǎn)生了巨大推動作用。Nature總結(jié)了生物學領(lǐng)域引用率最高的100篇論文,生物信息學(包括系統(tǒng)進化方面)共有10篇入選,其中1篇甚至進入前十(表0-1.3)。表0-1.3　生物學學科歷史上引用率...[繼續(xù)閱讀]

    蛋白質(zhì)、DNA 和RNA 序列的計算分析在不斷發(fā)生著變化。生物學實驗新技術(shù),如測序技術(shù)使實驗數(shù)據(jù)急劇增長,當基因組測序計劃持續(xù)開展,生物信息學研究重點已逐步從數(shù)據(jù)的積累轉(zhuǎn)向數(shù)據(jù)的解釋。用于基因組拼接、序列相似性搜索、...[繼續(xù)閱讀]

    本書定位為生物信息學專業(yè)學生的入門教材和非生物信息學專業(yè)學生及科研工作者的基本教材。因此,本書的閱讀對象建議為本科生、研究生階段學生和從事生物學及相關(guān)專業(yè)領(lǐng)域(如醫(yī)學、農(nóng)學等)研究與開發(fā)工作者。本書共分為四...[繼續(xù)閱讀]

    1.核苷酸序列數(shù)據(jù)常見的核苷酸序列數(shù)據(jù)由脫氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)數(shù)據(jù)組成。DNA 的組成單位為四種脫氧核糖核苷酸,分別為腺嘌呤(A)、鳥嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C)。而RNA 的組成單位為四種核糖核苷酸,分別為腺嘌呤...[繼續(xù)閱讀]

    1.雙脫氧鏈終止法(Sanger 法)第一代DNA 測序技術(shù)主要為1977年由桑格(Sanger) 等提出的雙脫氧鏈終止法(dideoxy sequencing technique),也稱為Sanger 法。Sanger 法的核心原理是:雙脫氧核糖核苷酸(ddNTP)的2′和3′位置都不含羥基(圖1-1.1右),因此ddNTP 在...[繼續(xù)閱讀]

    隨著研究的不斷深入,第一代測序技術(shù)由于其成本高、通量低等缺點,越來越滿足不了日益發(fā)展的生物研究需求,并且難以實現(xiàn)大規(guī)模的應(yīng)用。經(jīng)過不斷的技術(shù)研發(fā)和改善,同時具備成本低、通量高、速度快等特點的第二代測序技術(shù)應(yīng)運...[繼續(xù)閱讀]

    第二代測序技術(shù)具有通量大、時間短、精確度高和信息量豐富等優(yōu)點,但是仍不能滿足日益深入的研究工作,因此第三代測序技術(shù)應(yīng)運而生。第三代測序(third generation sequencing,TGS)是基于單個分子信號檢測的DNA 測序,也被稱為單分子測序...[繼續(xù)閱讀]