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基因表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)數(shù)據(jù)分析 共有 90 個(gè)詞條內(nèi)容

2.3.2 Linux

    Linux是在個(gè)人計(jì)算機(jī)和工作站上使用的Unix操作系統(tǒng),提供命令行或者程序與計(jì)算機(jī)硬件之間接口的軟件的核心部分。它于1991年10月5日由它的作者LinusTorvalds在赫爾辛基大學(xué)發(fā)布。Linux之所以受到廣大計(jì)算機(jī)愛(ài)好者的喜愛(ài),究其原因:一是...[繼續(xù)閱讀]

基因表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)數(shù)據(jù)分析

2.3.3 Linux與MS-DOS及Windows系統(tǒng)的比較

    DOS在PC機(jī)上普及最廣,價(jià)格很低。Linux是免費(fèi)軟件,不用考慮價(jià)格。它的部分命令與MS-DOS相同或相似,如cd(..)-cd(..)、telnet-telnet。Linux可以充分發(fā)揮微處理器的功能,其多用戶、多任務(wù)、網(wǎng)絡(luò)等功能是MS-DOS所不能比的。Linux與Windows都是多任...[繼續(xù)閱讀]

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2.3.4 建立Linux工作站

    2.3.4.1系統(tǒng)需求不同RedHatLinux版本,對(duì)系統(tǒng)的需求不同。以RedHatLinux7.1為例,安裝的基本要求如下:486或者以上的CPU;256MB或者以上的內(nèi)存;最少300MB的硬盤(pán)空間,如果希望完全安裝,需要1GB以上的硬盤(pán)空間。2.3.4.2對(duì)硬盤(pán)進(jìn)行分區(qū)分區(qū)就是把計(jì)算...[繼續(xù)閱讀]

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2.3.5 在Linux系統(tǒng)下工作

    2.3.5.1啟動(dòng)和退出啟動(dòng)(登陸到服務(wù)器):方法1:打開(kāi)“開(kāi)始”→“運(yùn)行”,鍵入cmd后,在跳出的窗口中鍵入“telnet+服務(wù)器IP地址?!钡顷懙椒?wù)器后,鍵入用戶名和密碼。(只能使用文字界面)方法2:用Windows下的X-server軟件(如:X-win等)登陸到服...[繼續(xù)閱讀]

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2.4.1 BLAST(basic local alignment search tool)

    BLAST為基本的局部聯(lián)配搜索工具,它是大多數(shù)在線序列搜索服務(wù)器的核心算法。NCBI提供了BLAST在線服務(wù),可以直接在網(wǎng)上遞交一段核苷酸或氨基酸序列與NCBI的數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),用戶將得到反饋的結(jié)果。NCBI的數(shù)據(jù)庫(kù)和BLAST軟件也提供下載(ftp...[繼續(xù)閱讀]

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2.4.2 ClustalW

    ClustalW是一個(gè)免費(fèi)的、使用廣泛的DNA和蛋白質(zhì)多序列聯(lián)配工具,其結(jié)果可以進(jìn)一步用于系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建與分析。最新版本的ClustalW可以從ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW/下載,其中有一個(gè)CLUSTALW1.83.DOS.zip的壓縮文件,解壓后有兩個(gè)可執(zhí)行...[繼續(xù)閱讀]

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2.4.3 InterProScan

    InterPro的數(shù)據(jù)庫(kù)整合了PROSITE,PRINTS,Pfam,ProDom,SMART,TIGRFAMs等數(shù)據(jù)庫(kù)的信息,包含了蛋白質(zhì)的功能描述和文獻(xiàn)參考,以及與相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接。還提供了簡(jiǎn)明的文字和序列搜索界面,對(duì)未知的序列給出綜合的功能注釋,如所在的基因家族、功能...[繼續(xù)閱讀]

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2.4.4 perl(practical extraction and report language)

    2.4.4.1概述perl是一種通用編程語(yǔ)言。凡是其他編程語(yǔ)言能夠使用的地方,都有它的用武之地,它能將許多元素連接在一起,因而被稱為是一種“膠水語(yǔ)言”。perl還能執(zhí)行許多有用的、復(fù)雜的程序任務(wù)。編程樣式靈活,做之前無(wú)需事先聲明...[繼續(xù)閱讀]

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2.4.5 Linux系統(tǒng)軟件安裝總結(jié)

    先來(lái)看看Linux軟件擴(kuò)展名,軟件后綴.rpm最初是RedHatLinux提供的一種包封裝格式,現(xiàn)在許多Linux發(fā)行版本都使用;后綴.deb是DebainLinux提供的一種包封裝格式;后綴.tar.gz、tar.Z、tar.bz2或.tgz是使用Unix系統(tǒng)打包工具tar打包的;后綴.bin的通常是一些...[繼續(xù)閱讀]

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2.5 參考文獻(xiàn)

    1.CynthiaG,PerJambeck.DevelopingBioinformaticsComputerSkills.OReilly&Associates2.WelshM,KaufmanL.RunningLinux.OReilly&Associates3.PeekJ,TodinoG,StrangJ.LearningtheUnixOperationSystem.OReilly&Associates4.王建橋等譯.Linux24小時(shí)教程.北京:機(jī)械工業(yè)出版社,20025.胡松年,薛...[繼續(xù)閱讀]

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